阮大铖于万历四十四年（1616）中进士。天启初，由行人擢给事中，不久因居忧还里。阮大铖曾经列籍东林，为高攀龙弟子。同乡左光斗是东林在宪司的领袖人物，也是大铖倚以自重的朋友，他在打倒方从哲引入的非东林阁老史继偕等人的“斗争”中立下头功，因此名列东林骨干，在《东林点将录》中绰号“没遮拦”。天启四年春甲子，吏科都给事中出缺，左光斗通知大铖来京递补。而赵南星、高攀龙、杨涟等一伙人因为与左光斗发生内讧，因此“以察典近，大铖不可用”，而准备改用高的另一名弟子——同为东林闯将的魏大中。等到大铖至北京时，赵南星一伙人使之补工科。吏居第一，而工居最末。本来按资历递补应该轮到吏科的阮大铖。此时魏忠贤出现了，他让阮大铖遂得偿心愿。但是，阮大铖的官没能做多久，东林的可怕压力就让他上任未及一月便弃官逃回老家。从此大铖与东林决裂。

　　魏忠贤当权时，他被召至京城，为太常少卿。他深知自己是东林出身，又当上了反东林楷模，估计是两面难讨好，因此行事十分小心。一段时间后，他又归乡里，打算观望形势。

　　崇祯二年(1629)，魏党事败，他上书指出东林与阉党都“党附宦官”，应该一起罢去（大铖准备了两本不同的奏章，一起送至北京的朋友杨维垣处。其一专劾崔、魏之阉党。其二“以七年合算为言，谓天启四年以后，乱政者忠贤，而翼以呈秀，四年以前，乱政者王安，而翼以东林”。但杨维垣因为正和东林敌对，因此没有按照他的嘱托“见机行事”，上了第二本）。然后他上京任光禄卿。崇祯不听，结果他名列逆案被罢官，避居安庆、南京，招纳游侠，谈兵说剑，结成文社。中途他想与复社和东林讲和，因此在复社领袖张溥为其师周延儒复相而奔走活动时慷慨解囊相助，表示愿意重归东林。东林反对周报答他。因此崇祯一朝终未得仕。不过他举荐以自代的马士英由此登上高位。崇祯八年（1635），农民起义军进入安徽。大铖避居南京，广召勇士，当时复社中名士顾杲、杨廷枢、黄宗羲等憎恶其为人，作《留都防乱公揭》驱之，曰：“其恶愈甚，其焰愈张，歌儿舞女充溢后庭，广厦高轩照耀街衢，日与南北在案诸逆交通不绝，恐吓多端。”

　　崇祯十七年三月，李自成破北京，毅宗山陵崩。同年五月，福王在南京即帝位，马士英执政，阮大铖得其荐举，被起用为兵部右侍郎，不久晋为兵部尚书，编《蝗蝻录》，据《留都防乱公揭》对东林、复社诸人立意报复，大兴党狱。东林党人联合明军将领左良玉，发动“清君侧”。顺治三年( 1646 )六月，清军渡钱塘，阮大铖降清。清廷授其内院职衔，后随清兵入闽，在五通岭上突然头面肿胀，贝勒劝他留下养病，“大铖惊曰：‘我何病？我年虽六十，能骑生马，挽强弓，铁铮铮汉子也！我仇人多，此必东林、复社诸奸徒潜在此间，我愿诸公勿听！’已而又曰：‘福建巡抚已在我掌握中，诸公为此言得毋有异意耶？’”于是大铖带病随军南征，越仙霞岭，众将上马缓行登山，而“大铖独下马，徒步而前，左牵马，右指骑（者）曰：‘我精力百倍于后生！’盖示壮以信其无病也。言讫，鼓勇先登”，不久“马抛路口，身踞石坐”，僵仆石上死。时天气炎热，尸体溃烂，清军草草收殓，不知埋在何处。一说阮大铖闻马士英被杀，自投崖下死，被戮尸。