徐琦一生最大的亮点,就是他是明朝一位出色的外交家。在考取进士以后,他在朝廷担任过行人司的行人(行人司是主管皇帝颁布诏书、册封宗室等重大事件的官府),为兵部员外郎。宣德六年(公元1431年),升任为右通政。通政使司,简称通政司,是明清时期收受、检查内外奏章和申诉文书的中央机构,正长官是通政使。徐琦担任的通政使司的右通政,是通政司的副长官(近似时下中央办公厅副主任,副部级),是中央政府的四品官。在任间,他曾跟随正使、礼部侍郎章敞出使安南(今越南北部地区),主要任务是册封黎利为安南国王。作为第一次出使外国的外交官,在外交事务中,一方面坚持原则,他支持章敞,对安南黎利的不友好接待提出批评,指出,对外交使臣的不尊敬,就是对大明朝廷的不尊敬,黎利理屈词穷,只得跪拜下坐,以礼相待。另一方面,他也能够注意团结安南臣民,特别是保持大国使节的清廉形象,拒绝接受安南方面给他们的赠物,不辱外交官的使命,受到安南人的尊敬和好评。正使章敞对徐琦的表现非常满意,回国后向朝廷报告,徐琦被升任为兵部右侍郎(相当于国防部副部长)。
景泰四年(公元1453年)三月二十二日,徐琦病逝于任所,终年六十八岁。明代宗封赠他太保荣衔。后来,安南使臣出使明朝时还常常对中国官员说:“我们安南的草木都知道徐琦的名字!”徐琦家乡宁夏镇的官民为徐琦建立了一个牌坊,上面写着“司马”二字,表示纪念。